Η Πινακοθήκη Μποργκέζε (Galleria Borghese) φιλοξενείται στο εσωτερικό της ομώνυμης βίλας, την οποία έκτισε το 1612-13 ο καρδινάλιος Σιπιόνε Μποργκέζε, ανιψιός του πάπα Παύλου Ε΄. Ήδη από την εποχή της ανέγερσής του το κτήριο φιλοξενούσε σημαντικά έργα τέχνης, τα οποία προέρχονταν από τις συλλογές της οικογένειας και εμπλουτίστηκαν από τον καδρινάλιο με μεγάλο πάθος αλλά και σύμφωνα με το προσωπικό του γούστο.
Από την περίοδο εκείνη προέρχονται έργα όπως η Αποκαθήλωση του Ραφαήλ και οι πίνακες του Καραβάτζο που ανήκαν στον Καβαλιέρε ντ' Αρπίνο. Η συλλογή εμπλουτίστηκε και με αρχαία γλυπτά που τυχαία ανευρίσκονταν στη Ρώμη, ή δωρίζονταν στην οικογένεια Μποργκέζε. Οι αρχαιότητες αυτές γέννησαν το αίσθημα της άμιλλας σ' έναν άλλο σπουδαίο καλλιτέχνη, τον Τζαν Λορέντσο Μπερνίνι, στον οποίο ο καρδινάλιος ανέθεσε αρκετές παραγγελίες. Κατά τη Ναπολεόντια περίοδο, ο Καμίλο Μποργκέζε πούλησε στον κουνιάδο του, Ναπολέοντα Βοναπάρτη, αρκετά αρχαία ευρήματα, τα οποία είχαν αποκτηθεί στα τέλη του 18ου αιώνα από την Πινακοθήκη. Λίγο αργότερα ο Αντόνιο Κανόβα θα φιλοτεχνήσει το άγαλμα της Παυλίνας Μποργκέζε, συζύγου του Καμίλο, έργο που, παραδόξως, θα αναδειχθεί σε σύμβολο του Μουσείου.
Το 1902, τα έργα και η βίλα αγοράστηκαν από το ιταλικό κράτος. Έτσι, η Πινακοθήκη Μποργκέζε, ως κρατικό πλέον μουσείο, απέκτησε, με τη βοήθεια αναδιατάξεων και νέων αποκτημάτων, τη σημερινή της φυσιογνωμία.