Πριν ξεκινήσει η επίθεση εναντίον του Μίντγουεϊ, οι Ιάπωνες αποφάσισαν να θέσουν σε εφαρμογή το σχέδιο επίθεσης στο νότο, προς τη Νέα Γουινέα και την Αυστραλία, το οποίο ήταν ήδη έτοιμο. Ο Γιαμαμότο, με τη γνωστή αισιοδοξία του, σκεφτόταν ότι θα κατάφερνε με αυτόν τον τρόπο να "βγάλει" τους Αυστραλούς από τον πόλεμο. Η επιχείρηση αυτή, που ουσιαστικά είχε ξεκινήσει ήδη, πίστευε ότι δεν θα άλλαζε τον κύριο στόχο, ο οποίος παρέμενε πάντοτε η επίθεση προς τα ανατολικά.

Οι Ιάπωνες θεωρούσαν ότι στην περίπτωση αντεπίθεσης των Συμμάχων, η Αυστραλία θα αποτελούσε την κύρια βάση. Θα έπρεπε, λοιπόν, να την απομονώσουν όσο ήταν δυνατόν, κόβοντας τις οδούς ανεφοδιασμού. Για να γίνει αυτό, θα έπρεπε να φτάσουν στη νότια και την ανατολική ακτή της Νέας Γουινέας, να καταλάβουν την πρωτεύουσα Πορτ Μόρεσμπι, και να ολοκληρώσουν την κατάληψη των Νήσων του Σολομώντα. Με τα νέα αεροδρόμια που θα κατασκεύαζαν σε αυτές τις περιοχές, θα μπορούσαν να "κόψουν" σε μεγάλο βαθμό τις επικοινωνίες μεταξύ ΗΠΑ και Αυστραλίας, η οποία θα βρισκόταν πια στην ακτίνα δράσης των ιαπωνικών αεροπλάνων. Για να υλοποιήσει αυτό το σχέδιο, το οποίο ονομάστηκε Επιχείρηση ΜΟ, ο Γιαμαμότο ετοίμασε στόλο από οπλιταγωγά, κάθε είδους πολεμικά πλοία, καθώς και τρία αεροπλανοφόρα: το Shoho, το Shokaku και το Zulkaku.