Στο Λος Άλαμος, στο Νέο Μεξικό, στις 10 και 11 Μαΐου 1945 κλήθηκε να συνεδριάσει η επιτροπή που θα καθόριζε πιθανούς στόχους για ρίψη της ατομικής βόμβας στην Ιαπωνία. Τα βασικά κριτήρια που τέθηκαν ήταν η διάμετρος του στόχου να υπερβαίνει τα 3 μίλια και η έκρηξη να προξενήσει σημαντικές καταστροφές. Έτσι, απορρίφθηκαν οι μικροί στρατιωτικοί στόχοι, δεδομένου ότι ο βομβαρδισμός όφειλε να έχει κρίσιμες ψυχολογικές επιπτώσεις στον πληθυσμό και να είναι αρκετά εντυπωσιακές προκειμένου να προκαλέσει δέος στη διεθνή κοινότητα.

Απορρίφθηκαν, επίσης, τα αυτοκρατορικά ανάκτορα του Τόκιο (αποτελούσαν μεν στόχο με μεγάλη συμβολική αξία, αλλά δεν είχαν καμιά στρατηγική σημασία). Ο Οπενχάιμερ, ο οποίος προήδρευε στη σύσκεψη, πρότεινε το Κιότο, τη Χιροσίμα και τη Γιοκοχάμα, καθώς και το ναυπηγείο της Κοκούρα. Το Κιότο, παρότι εμφανιζόταν πρώτο στη λίστα, σώθηκε χάρη στις πιέσεις του υπουργού Πολέμου, Χένρι Στίμσον, ο οποίος είχε περάσει εκεί το μήνα του μέλιτος και θαύμαζε την πόλη, αλλά και του καθηγητή Ράισαουερ, μελετητή των ιαπωνικών θεμάτων, ο οποίος θεωρούσε το Κιότο παγκόσμια πολιτιστική κληρονομιά και κίνησε γη και ουρανό για να το προστατεύσει. Τελικά, επιλέχθηκαν η Χιροσίμα, το Ναγκασάκι, η Κοκούρα και η Νιγκάτα.