Ο Γιάννης Παπαθεοδώρου είναι επίκουρος καθηγητής νεοελληνικής φιλολογίας στο Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων από το 2007. Έχει επίσης διδάξει νεοελληνική λογοτεχνία στο Τμήμα ΙΑΚΑ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (2001-2006). Το 2001 υποστήριξε τη διδακτορική του διατριβή στο Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών με θέμα τη σχέση αφήγησης και ιδεολογίας στις "Ακυβέρνητες Πολιτείες" του Στρατή Τσίρκα. Η μεταδιδακτορική του έρευνα, με υποτροφία του ΙΚΥ, αφορούσε την καβαφική κριτική. Έχει συνεργαστεί σε ερευνητικά προγράμματα του ΕΙΕ,του ΕΚΚΕ,του ΕΚΕΒΙ,του Πανεπιστημίου της Κρήτης, του ΕΛΙΑ, καθώς και των ΑΣΚΙ. Η επιστημονική του αρθρογραφία, εκτός από το έργο του Στρατή Τσίρκα, αφορά το έργο νεοελλήνων λογοτεχνών του 19ου και του 20ού αιώνα (Σούτσος, Καλλιγάς, Βικέλας, Βαλαωρίτης, Ροίδης, Καβάφης, Σεφέρης, Θεοτοκάς, Κοτζιάς, Μπακόλας, Καραγάτσης), καθώς και ζητήματα της νεοελληνικής κριτικής. Άρθρα του έχουν δημοσιευτεί στα περιοδικά "Νέα Εστία", "Μνήμων"," Αρχειοτάξιο", "Ο Πολίτης", "Εντευκτήριο", "Ποίηση", "Πορφύρας", σε συλλογικούς τόμους και επιστημονικές επετηρίδες. Είναι μέλος των ΑΣΚΙ,της ΕΜΝΕ Μνήμων και του περιοδικού Ηistorein. Έχει δημοσιεύσει άρθρα και επιφυλλίδες στην "Ελευθεροτυπία", στα "Νέα", στην "Αυγή", στην "Καθημερινή" και στο "Βήμα".