Ο Φιλοκτήτης, γιος του Ποίαντα και της Μεθώνης, εκστράτευσε κατά της Τροίας επικεφαλής επτά πλοίων με Θεσσαλούς πολεμιστές. Ενώ ο στόλος των Ελλήνων έπλεε για την Τροία, αγκυροβόλησαν στη Λήμνο για να επισκεφτούν το ιερό της Αθηνάς. Εκεί ο Φιλοκτήτης, σπρωγμένος από την Ήρα που ήθελε να τον εκδικηθεί γιατί είχε βοηθήσει τον νόθο γιο του Δία, Ηρακλή, πλησίασε κοντά στον ιερό χώρο που του επιτέθηκε μια ύδρα, φύλακας του ιερού. Το φοβερό δηλητηριώδες ερπετό τον δάγκωσε στο πόδι. Η αθεράπευτη πληγή έβγαζε τέτοια δυσωδία και οι κραυγές του από τον πόνο τάραζαν τόσο τον στρατό, που οι σύντροφοί του με την προτροπή του Οδυσσέα και των Ατρειδών να τον εγκαταλείψουν στο νησί.

Δέκα ολόκληρα χρόνια, όσο κράτησε ο Τρωικός πόλεμος, ο Φιλοκτήτης υπέμεινε στο νησί άθλια ζωή, μόνος κι έρημος, με την πληγή πάντα να τον βασανίζει. Θα ερχόταν όμως η μέρα που οι Έλληνες θα θυμούνταν τον Φιλοκτήτη. Πράγματι, δίνεται χρησμός πως το Ίλιον δε θα πέσει, αν δεν βοηθήσει το ανίκητο τόξο του Ηρακλή, το οποίο ο ημίθεος πεθαίνοντας είχε χαρίσει στον Φιλοκτήτη. Γι' αυτό στέλνουν στη Λήμνο τον Οδυσσέα και τον Νεοπτόλεμο, να πάρουν από τον Φιλοκτήτη το ηράκλειο τόξο και τα βέλη του. Εκείνος όμως αρνείται να τα δώσει, όμως στο τέλος, με την παρέμβαση του θεοποιημένου Ηρακλή, πείθεται να τους ακολουθήσει στην Τροία και να τους βοηθήσει στη νικηφόρο εξέλιξη του πολέμου.