Το ερώτημα που απασχολεί στην παρούσα μελέτη τον Θεόδωρο Πενολίδη είναι εκείνο που τίθεται επανειλημμένα από ολόκληρη τη νεότερη φιλοσοφία: το ερώτημα για την αληθή γνώση και τη μέθοδο που διασφαλίζει την επαρκή και πρόσφορη πρόσβαση της γνωστικής συνείδησης στο αντικείμενο. Η συνισταμένη των απαντήσεών του έγκειται στη διαπίστωση ότι η νεότερη φιλοσοφία αμφισβητεί μία καίρια προϋπόθεση της αριστοτελικής φιλοσοφίας: την προτεραιότητα της ύπαρξης έναντι της γνώσης, της υπόστασης (substantia) έναντι της γνωρίζουσας συνείδησης. Ο συγγραφέας επανέρχεται διαρκώς σε αυτή τη σχέση της συνείδησης του υποκειμένου με το αντικείμενο και τη φωτίζει από διαφορετικές απόψεις: 1. από την άποψη της θεωρητικής συνείδησης που αποβλέπει στην αλήθεια (Descartes), 2. από την άποψη της πρακτικής συνείδησης που αποβλέπει στον εννοιολογικό προσδιορισμό του ελεύθερου προσώπου και αναγκάζεται εντέλει να αναγνωρίσει ότι το πρόσωπο ως δομικός άξονας του "πράττειν" μένει χωρίς έννοια (Kant) και 3. από την άποψη μιας διαλεκτικής της συνείδησης (Hegel), η οποία συλλαμβάνεται ως μια κίνηση συνειδησιακής αυτογνωσίας κατά την οποία η συνείδηση αποκομίζει την εμπειρία ότι η γραμμική απεικόνιση του αντικειμένου στη γνώση είναι αδύνατη και έτσι αναγκάζεται να εγκαταλείψει την απόβλεψη στο εξωτερικό αντικείμενο και να στραφεί στον ίδιο τον εαυτό της. Η μελέτη "Μέθοδος και συνείδηση" συμπληρώνεται από μετάφραση τριών κειμένων του Hegel.