Η Ιωάννα Παπαθανασίου γεννήθηκε στην Αθήνα το Νοέμβριο του 1958. Το 1980 πήρε το πτυχίο του Τμήματος Πολιτικών Επιστημών της Παντείου και συνέχισε σπουδές πολιτικής κοινωνιολογίας και ιστορίας στο Παρίσι στα Πανεπιστήμια Paris I-Pantheon-Sorbonne και Paris X-Nanterre όπου και υποστήριξε το 1988 τη διδακτορική της διατριβή στην ιστορία του σύγχρονου κόσμου. Συνεργάτης του Centre d' Histoire et de Sociologie du Communisme στα χρόνια 1988-1994, στο πλαίσιο μεταδιδακτορικών σπουδών μελέτησε, στην περίοδο του ανοίγματός τους, τα "σοβιετικά αρχεία" για την Ελλάδα και τα Βαλκάνια. Εργάζεται ως ερευνήτρια στο Ινστιτούτο Πολιτικής Κοινωνιολογίας του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών (Ε.Κ.Κ.Ε.). Είναι επιστημονική συνεργάτης των Αρχείων Σύγχρονης Κοινωνικής Ιστορίας (ΑΣΚΙ) και μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου τους. Συμμετέχει στη συντακτική ομάδα του περιοδικού "Αρχειοτάξιο". Έχει δημοσιεύσει άρθρα και μελέτες που αναφέρονται στην ιστορία του 20ού αιώνα και κυρίως στην ιστορία της ελληνικής αριστεράς.