Η Ελένη Μπενέκη πραγματοποίησε τις προπτυχιακές και μεταπτυχιακές της σπουδές στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, τμήμα ιστορίας-αρχαιολογίας, και είναι υποψήφια διδάκτωρ του Ιονίου Πανεπιστημίου στον τομέα της ιστορίας της ελληνόκτητης ναυτιλίας. Έχει διεξάγει έρευνα σε αρχεία και βιβλιοθήκες της Αγγλίας και της Βενετίας και οι δημοσιεύσεις της αφορούν την οικονομική ιστορία, την ιστορία της ελληνόκτητης ναυτιλίας, την τοπική ιστορία, την ιστορία του αθλητισμού και την ιστορία των Ολυμπιακών Αγώνων. Μεταξύ των κύριων ερευνητικών ενδιαφερόντων της συγκαταλέγονται η ιστορία των επιχειρήσεων και η χορηγική πολιτική στον πολιτισμό. Υπήρξε επιστημονική συνεργάτης της Ακαδημίας Αθηνών και του Ελληνικού Ιστορικού και Λογοτεχνικού Αρχείου και είναι προϊσταμένη Έρευνας και Προβολής του Πολιτιστικού Ιδρύματος Ομίλου Πειραιώς.