Ο Βασίλης Σπηλιώτης γεννήθηκε στον Πειραιά στις 25 Ιανουαρίου του 1956. Απεφοίτησε από την Ιωννίδιο Πρότυπο Σχολή το 1974. Την ίδια χρονιά πέρασε με πανελλήνιες εξετάσεις στο Βιολογικό Τμήμα του Πανεπιστημίου Αθηνών και πήρε το πτυχίο του το 1979. Συνέχισε τις σπουδές του στο Παρίσι και το 1980 πήρε το μεταπτυχιακό δίπλωμα D.E.A στην Βιομηχανική Βιοχημεία Τροφίμων από το Πανεπιστήμιο Paris XI. Το 1983 υποστήριξε τη Διδακτορική του Διατριβή στο αντικείμενο Επιστήμες Τροφίμων και έλαβε τον τίτλο του Διδάκτορα από το Πανεπιστήμιο Paris VII με τον βαθμό άριστα.