Ο Νέιθαν Γκαλ γνώριζε τα πάντα για τους πειρατές: τα πλοία τους, τα αγκυροβόλια τους, τις ιστορίες τους... Έτσι, μετά το θάνατο του πατέρα του, όταν ο Τάμο Γουάιτ, γιος φημισμένου μπουκανιέρου, του πρότεινε να πάνε μαζί στη Μαδαγασκάρη, ο Νέιθαν και η αδελφή του, η Μοντ, έκαναν το ταξίδι που τους άλλαξε τη ζωή.
Η πραγματικότητα στο νησί ήταν πολύ διαφορετική απ' ό,τι περίμεναν: εξωτική βλάστηση, παράξενοι ιθαγενείς, πρωτόγονες δοξασίες, πρωτόγνωρα έθιμα και συνήθειες. Ο παράδεισος, όμως, είναι γεμάτος κινδύνους... Η Μαδαγασκάρη είναι άντρο πειρατών. Και μια μέρα, οι μαχαιροβγάλτες μπουκανιέροι επιστρέφουν στα λημέρια τους. Πώς θα επιζήσουν τα τρία παιδιά στο νέο αυτό κόσμο;