Όλες οι εκθέσεις πλαισιώνονται με εκπαιδευτικά προγράμματα ειδικά σχεδιασμένα για μαθητές Γυμνασίου και Λυκείου από 12 έως 18 ετών. Μέσα από την επαφή των παιδιών με τα έργα κάθε έκθεσης, τις ερωτήσεις - ερεθίσματα και το διάλογο που πραγματοποιείται κατά τη διάρκεια του προγράμματος, επιδιώκεται η κατανόηση της δημιουργικής σύλληψης κάθε έργου, καθώς και το σκεπτικό βάσει του οποίου σχεδιάστηκε η έκθεση.
Απώτερος στόχος κάθε εκπαιδευτικού προγράμματος είναι η ανακάλυψη από τους μαθητές της σύγχρονης τέχνης (ελληνικής και διεθνούς), η γνωριμία με τους τρόπους έκφρασης και τα νέα μέσα που μεταχειρίζονται οι καλλιτέχνες σήμερα, και εν τέλει η καλλιέργεια της καλλιτεχνικής τους ευαισθησίας έτσι ώστε η εμπειρία της επίσκεψης στο Μουσείο και η επαφή με τα ίδια τα έργα τέχνης, να συμβάλουν στην εξοικείωση αλλά και στη βίωση μιας αισθητικής απόλαυσης.
Σε κάθε έκθεση σχεδιάζεται ένα εκπαιδευτικό έντυπο το οποίο μοιράζεται στους μαθητές που παρακολουθούν το πρόγραμμα. Το έντυπο περιλαμβάνει φωτογραφίες των έργων της έκθεσης, σύντομη ανάλυσή τους και κριτικές ερωτήσεις - ερεθίσματα. Αποσκοπεί στο να προτείνει διαφορετικούς τρόπους προσέγγισης των έργων τέχνης, μέσα από τις εμπειρίες, τα ενδιαφέροντα, τις δεξιότητες και την προηγούμενη γνώση των μαθητών, καθώς και στο να συμβάλει στην ανάπτυξη της ικανότητας να χρησιμοποιούν τη γνώση και την εμπειρία τους για να εκφράσουν τις δικές τους ιδέες, πάνω στους ποικίλους προβληματισμούς της σύγχρονης τέχνης.