Ο δεκάχρονος Τομ ζει ευτυχισμένος με τους θετούς γονείς του: το Φερντινάν, έναν κολοσσό με χρυσή καρδιά, και τη Ζιλιέτ, μια Αφρικάνα που καυχιέται ότι ξέρει από μαγεία. Ένα βράδυ, βάτραχοι παρασύρουν το αγοράκι κοντά στο βάλτο και του ανακοινώνουν ότι κατακλυσμός απειλεί όλα τα ζωντανά πλάσματα του πλανήτη. Αμέσως αρχίζει να πέφτει πάνω στη Γη καταρρακτώδης βροχή με πρωτοφανή ορμή επί σαράντα μέρες και σαράντα νύχτες.
Μόνο μια μικρή ετερόκλητη ομάδα, η οποία καθοδηγείται πολύ δυναμικά από το Φερντινάν, κατορθώνει να αψηφήσει τα στοιχεία της φύσης που μαίνονται. Μέσα στο πρόχειρο πλοιάριό τους άνθρωποι και ζώα παρασύρονται στη δίνη μιας τρελής περιπέτειας...