Οι δύο πρώτοι αιώνες της Τουρκοκρατίας αποτελούν πιθανότατα τη σκοτεινότερη περίοδο στην ιστορία της Αθήνας. Η άλλοτε ένδοξη πόλη της Παλλάδας, η οποία, αν και άσημη κατά τη βυζαντινή περίοδο, ευτύχησε να μην υποστεί καταστροφές και εθνολογικές αλλοιώσεις, επρόκειτο από τον 13ο αιώνα και εξής να γνωρίσει μια σειρά ξένων κατακτητών με τελευταίους, το 1456, τους Οθωμανούς Τούρκους. Η οθωμανική κατάκτηση, αν και ειρηνική, διαφοροποίησε καθοριστικά τη μορφή και τη δομή της πόλης χωρίς, πάντως, να επηρεάσει σημαντικά την οικονομική της ευμάρεια. Η εγκατάσταση Τούρκων εποίκων κατέστησε τους γηγενείς Αθηναίους πολίτες δεύτερης κατηγορίας, ενώ η μετοικεσία φτωχών Αρβανιτών στα χωριά των Μεσογείων και στις βόρειες παρυφές του λεκανοπεδίου προσέθεσε ακόμη έναν παράγοντα αστάθειας στη ζωή της πόλης. Παρά ταύτα, οι φιλόπονοι Αθηναίοι κατόρθωσαν να αντιμετωπίσουν με επιτυχία τις προκλήσεις που δημιουργούσαν οι νέες συνθήκες και να οδηγηθούν σε αξιοσημείωτα επίπεδα οικονομικής, κοινωνικής και πνευματικής ευημερίας έως την εισβολή των στρατευμάτων του Μοροζίνι (1687), η σύντομη κατοχή της Αθήνας από τα οποία επρόκειτο να επιδεινώσει τις συνθήκες ζωής σ' αυτήν για τον επόμενο ενάμισυ αιώνα, δηλαδή μέχρι την έναρξη της Ελληνικής Επανάστασης.