O Θεόδωρος Κουκούλης γεννήθηκε στον Πειραιά. Είναι απόφοιτος της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών από το τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης με αντικείμενο ειδίκευσης τις Διεθνείς και Ευρωπαϊκές Σπουδές. Το αντικείμενο της έρευνάς του επικεντρώνεται στο χώρο των σχέσεων της Εκκλησίας και της Πολιτείας τόσο στην Ελλάδα όσο και στην Ευρωπαϊκή Ένωση.