Ο Θέμης Μοσχάτος γεννήθηκε στο Καστελόριζο (Δωδεκάνησα) τον Οκτώβρη του 1904. Το 1922, με τη Μικρασιατική Καταστροφή, δεκαοχτώ χρονών τότε, ήρθε πρόσφυγας στην Αθήνα. Γράφηκε στο Πανεπιστήμιο, στο Χημικό τμήμα, το οποίο εγκατέλειψε για να εισαχθεί στη Σχολή των Ευελπίδων (Γενάρης 1924), απ' όπου αποφοίτησε το 1926, με το βαθμό του ανθυπολοχαγού πυροβολικού. Το 1938, τον καιρό της δικτατορίας Μεταξά, λοχαγός τότε, αποστρατεύτηκε. Στον πόλεμο 1940-41 η διδακτορία δεν τον κάλεσε να υπηρετήσει. Το Γενάρη του 1942 συνελήφθη και φυλακίστηκε στις φυλακές Αβέρωφ, αρχικά, και, αργότερα, στις φυλακές Καλλιθέας, από τους Ιταλούς. Αποφυλακίστηκε στο τέλος του Μάρτη 1943, και συνέχισε να δουλεύει στην Αντίσταση, στην Αθήνα. Το Μάρτη 1944 προωθήθηκε στο Βουνό και παρουσιάστηκε στο Γενικό Στρατηγείο του ΕΛΑΣ. Ανέλαβε τα καθήκοντα του διευθυντή του Γραφείου Επιχειρήσεων της VIII Μεραρχίας ΕΛΑΣ, στην Ήπειρο και τέλη Σεπτέμβρη 1944 τα καθήκοντα του Επιτελάρχη της Ι Μεραρχίας ΕΛΑΣ, στη Θεσσαλία. Αργότερα, Γενάρης 1945, υπηρέτησε ως διευθυντής του II Γραφείου (Πληροφοριών) του Γενικού Στρατηγείου ΕΛΑΣ, μέχρι τον αφοπλισμό και την αποστράτευση του ΕΛΑΣ, αρχές Μάρτη 1945.