Ιστορικό στέλεχος του ΚΚΕ έγινε ευρύτερα γνωστός στα χρόνια της Αντίστασης και του Εμφυλίου Πολέμου, ως καπετάνιος των Ομάδων Μεραρχιών Μακεδονίας του ΕΛΑΣ και στη συνέχεια ως αρχιστράτηγος του ΔΣΕ και πρωθυπουργός της Προσωρινής Δημοκρατικής Κυβέρνησης. Πρόσφυγας με καταγωγή το Ερζερούμ (Θεοδοσιούπολη) της Αρμενίας, ο Μάρκος Βαφειάδης ήρθε στην Θεσσαλονίκη το 1923 και ένα χρόνο αργότερα εγκαταστάθηκε στην Καβάλα, όπου εργάστηκε ως καπνεργάτης και μυήθηκε στον κομμουνισμό. Μέλος της ΟΚΝΕ από το 1924 και του ΚΚΕ από το 1927, αναπτύσσει ταυτόχρονα συνδικαλιστική δραστηριότητα στο πλαίσιο της Καπνεργατικής Ομοσπονδίας. Με τις ιδιότητες του αυτές διώκεται κατ' επανάληψη, φυλακίζεται το 1932 και εξορίζεται στον Αϊ-Στράτη το 1933 και το 1936, απ' όπου δραπετεύει και τις δύο φορές. Παράνομο στέλεχος του ΚΚΕ στη διάρκεια της δικτατορίας της 4ης Αυγούστου, αναλαμβάνει υπεύθυνες κομματικές θέσεις και το 1938 συμμετέχει στην "Επαναστατική Επιτροπή" που διοργανώνει το Κίνημα στα Χανιά.Εξόριστος στη Γαύδο από το 1939, δραπετεύει από το νησί τον Μάιο του 1941 και μετά από σύντομη παραμονή στην Κρήτη και στην Αθήνα, φεύγει για τη Θεσσαλονίκη όπου εντάσσεται στον ΕΛΑΣ. Μέλος της ΚΕ του ΚΚΕ από το 1942, αντιπρόσωπος Θεσσαλονίκης στην ΠΕΕΑ και καπετάνιος των ΟΜΜ από τον Ιούλιο του 1944 μπαίνει στη Θεσσαλονίκη επικεφαλής του ΕΛΑΣ τον Οκτώβριο της ίδιας χρονιάς.Αν η παλαιότερη διαφωνία του με τον Άρη Βελουχιώτη τον προώθησε σε ανώτατα στρατιωτικά και πολιτικά αξιώματα στον ΔΣΕ και στην ΠΔΚ, η διαφωνία του με τον Ν. Ζαχαριάδη για ζητήματα στρατηγικής του πολέμου που έπρεπε να ακολουθήσει ο ΔΣΕ τον οδήγησε, από τα τέλη Αυγούστου του 1948, στην απομάκρυνσή του από τα αξιώματα αυτά και στην καθαίρεσή του από το ΚΚΕ στο τέλος του Εμφυλίου Πολέμου.Εξόριστος στην ΕΣΣΔ, επανήλθε στα ηγετικά κλιμάκια του ΚΚΕ στο διάστημα 1956-1958. Μετά την νέα καθαίρεσή του, έζησε στην Πολωνία και από το 1965 έως το 1983 στην Πέζνα στα Ουράλια. Επαναπατρίστηκε τον Ιούλιο του 1983 και από το 1984 προσέγγισε το ΠΑΣΟΚ με το οποίο εξελέγη βουλευτής Επικρατείας το 1989 και 1990. Πέθανε στην Αθήνα στις 23 Φεβρουαρίου 1992.