Η Μαρία Παγουρτζή γεννήθηκε στη Λαμία. Είναι πτυχιούχος του Φιλολογικού Τμήματος της Φιλοσοφικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, καθώς και διπλωματούχος του Μεταπτυχιακού Προγράμματος "Συγκριτική Εκπαίδευση και Ανθρώπινα Δικαιώματα" του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Ινστιτούτου της Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου του Λονδίνου. Εργάζεται ως φιλόλογος στη Δευτεροβάθμια εκπαίδευση από το 1995.