Ο Μανώλης Κουτούζης είναι Πτυχιούχος του ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών, κάτοχος Master's (Οργάνωση, Σχεδιασμός και Management της Εκπαίδευσης) και Διδακτορικού Διπλώματος του Πανεπιστημίου του Reading (Αγγλία). Είναι Επίκουρος Καθηγητής στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου, ενώ από τον Μάρτιο του 2009 είναι Υπεύθυνος του Τομέα Προγραμμάτων και Ερευνών του Κέντρου Ανάπτυξης Εκπαιδευτικής Πολιτικής (ΚΑΝΕΠ) της ΓΣΕΕ. Επίσης, είναι Καθηγητής Σύμβουλος στο Ελληνικό Ανοιχτό Πανεπιστήμιο στη Θεματική Ενότητα "Διοίκηση Εκπαιδευτικών Μονάδων". Έχει διδάξει στο Ανοικτό Πανεπιστήμιο Κύπρου, στην Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας τόσο σε προπτυχιακό όσο και σε μεταπτυχιακό επίπεδο. Έχει επίσης διατελέσει, επιστημονικός υπεύθυνος ερευνητικών προγραμμάτων που σχετίζονται με τα ζητήματα της εκπαιδευτικής πολιτικής και της διοίκησης των εκπαιδευτικών μονάδων, καθώς και εμπειρογνώμονας σε διεθνή προγράμματα του ΟΟΣΑ.