O Jan-Werner Muller σπούδασε φιλοσοφία, πολιτική θεωρία και ιστορία στο Ελεύθερο Πανεπιστήμιο του Βερολίνου, το University College του Πανεπιστημίου του Λονδίνου, το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης (όπου και ανακηρύχθηκε διδάκτωρ) και το Πανεπιστήμιο του Πρίνστον. Είναι καθηγητής στο Τμήμα Πολιτικών Επιστημών του Πανεπιστημίου του Πρίνστον.