Ο Γιάννης Καλιφατίδης γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Αθήνα. Αποφοίτησε από τη Γερμανική Σχολή Αθηνών το 1982. Σπούδασε μεταλλειολόγος μηχανικός στη Γερμανία, στο Πολυτεχνείο του Ντάρμσταντ. Υπήρξε επιστημονικός συνεργάτης του Εθνικού Μουσείου της Έσσης στους τομείς μοντέρνας τέχνης (Πτέρυγα Joseph Beuys), παλαιοντολογίας και ορυκτολογίας και του Ιστορικού Μουσείου της πόλης του Ντάρμσταντ (Αναγέννηση, Μπαρόκ, Κλασικισμός, Γιούγκεντσιλ). Ασχολήθηκε, επίσης, ενεργά με τη σύγχρονη εναλλακτική μουσική και τον αγγλόφωνο στίχο, αρθογραφώντας παράλληλα στον γερμανικό μουσικό Τύπο. Μετά την επιστροφή του στην Ελλάδα, παρακολούθησε το γερμανικό τμήμα του ΕΚΕΜΕΛ, απ' όπου αποφοίτησε το 2005. Έκτοτε εργάζεται ως μεταφραστής γερμανόφωνης λογοτεχνίας, μεταξύ άλλων για τις εκδόσεις "Άγρα", "Σμίλη", "Νεφέλη", "Scripta", "Πλέθρον", κ.ά. Επίσης, συνεργάζεται με το Μέγαρο Μουσικής, το Ελληνικό Φεστιβάλ και τη Στέγη Γραμμάτων και Τεχνών. Είναι κάτοχος του Κρατικού Βραβείου Λογοτεχνικής μετάφρασης 2007 για το βιβλίο του W.G. Sebald "Οι ξεριζωμένοι" (εκδ. Άγρα), και κάτοχος του Βραβείου Γερμανόφωνης Λογοτεχνίας του ΕΚΕΜΕΛ 2010 για το βιβλίο του Georg Heym "Ο κλέφτης: Επτά αφηγήματα" (εκδ. Νεφέλη). Από το Ακαδημαϊκό έτος 2010-11 διδάσκει λογοτεχνική μετάφραση στο γερμανικό τμήμα του ΕΚΕΜΕΛ.