Η Ευγενία Ζούκοβα γεννήθηκε στο Λένινσκ του Καζαχστάν, όπου οι γονείς της (μηχανικοί) δούλευαν στην εκεί κρατική αποστολή. Το 1976 η οικογένειά της εγκαταστάθηκε σ' ένα προάστιο, κοντά στη Μόσχα (Ιβαντέεβκα), όπου τελείωσε το Γυμνάσιο και το Λύκειο (1989). Στη συνέχεια εργάστηκε ως βοηθός βιβλιοθηκάριος στην Κεντρική Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου του Λομονόσοβ, στη Μόσχα. Από το ίδιο Πανεπιστήμιο πήρε και το πτυχίο του Ιστορικού Τμήματος (1996), με ειδίκευση στη Νεώτερη και Σύγχρονη Ιστορία της Ελλάδος. Ως υπότροφος του Ελληνικού Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών (ΙΚΥ) ήρθε στην Ελλάδα, όπου παρακολούθησε πολιτιστικό πρόγραμμα για οχτώ μήνες. Το 1997 αρχίζει κανονικές σπουδές στη Θεολογική Σχολή Αθηνών (Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας), με υποτροφία της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος. Παίρνοντας το πτυχίο της Θεολογικής Σχολής, αρχίζει αμέσως μεταπτυχιακές σπουδές στο ίδιο Τμήμα, στον Τομέα Χριστιανικής Λατρείας.