Η Ευγενία Αλεξάκη γεννήθηκε στην Αθήνα. Σπούδασε Αρχαιολογία και Ιστορία της Τέχνης στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστηµίου Αθηνών και συνέχισε τις σπουδές της στο Βερολίνο, στο Ινστιτούτο Ιστορίας της Τέχνης του Freie Universitat Berlin από όπου έλαβε διδακτορικό τίτλο στην Ιστορία της Τέχνης το 1996. Ως υπότροφος του Ιδρύµατος Fulbright (Fulbright Art Scholar 2011-2012, Columbia Univesity School of the Arts, NY) διεξήγαγε έρευνα σε θέµατα διδακτικής της Ιστορίας της Τέχνης.Έχει συνεργαστεί µε δηµόσιους και ιδιωτικούς πολιτιστικούς φορείς και έχει διδάξει στα Πανεπιστήµια Αιγαίου, Ιωαννίνων, Πατρών και στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήµιο Αθηνών καθώς και σε Προγράµµατα Επιµόρφωσης Ενηλίκων και Εκπαιδευτικών. Σήµερα διδάσκει στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήµιο και συνεργάζεται µε το Ινστιτούτο Σύγχρονης Ελληνικής Τέχνης-iset. Το 2013 συγκρότησε τη διεπιστηµονική οµάδα publicarthistory.org µε στόχο την έρευνα σε µεθόδους διάχυσης της γνώσης για την τέχνη και την ιστορία της στην εκπαίδευση και το ευρύ κοινό.