Ο Εμμανουήλ Π. Περσελής γεννήθηκε στην Αίγυπτο και αποφοίτησε από το εξατάξιο Γυμνάσιο Κάσου (Δωδεκάνησα). Σπούδασε θεολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και μετεκπαιδεύτηκε με υποτροφία του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών στο Πανεπιστήμιο του Lancaster (Αγγλία) σε θέματα χριστιανικής θρησκευτικής αγωγής και κοινωνιολογίας της θρησκείας και της θρησκευτικής εκπαίδευσης. Από το τελευταίο Πανεπιστήμιο απέκτησε τους μεταπτυχιακούς τίτλους Master of Arts in Religious Education (1979) και Ph. D. (1987). Είναι αναπληρωτής καθηγητής της θεωρίας και πράξης της χριστιανικής αγωγής στο Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, του οποίου διετέλεσε αναπληρωτής προέδρου (2002-3). Κατά το ακαδ. έτος 1987-88 δίδαξε ως ειδικός επιστήμων στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων. Έχει συμμετάσχει με ανακοινώσεις ή εισηγήσεις σε πολλά επιστημονικά θεολογικά και παιδαγωγικά συνέδρια. Επίσης έχει επανειλημμένως εκπροσωπήσει το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας σε διάφορα διεθνή θεολογικά συνέδρια και διασκέψεις που πραγματοποιήθηκαν στο εξωτερικό.