Ο Εμμανουήλ Αγγελάκις γεννήθηκε το 1856 στο χωριό Αρμένι της Σητείας. Ήταν το δωδέκατο παιδί μιας αγροτικής οικογένειας. Αφού αποφοίτησε από το Βαρβάκειο Λύκειο Αθηνών, επέστρεψε στην Κρήτη και διορίστηκε Σχολάρχης Σητείας. Το 1884, σε ηλικία μόλις 28 ετών, εκλέχθηκε αντιπρόσωπος της επαρχίας του για την Κρητική Συνέλευση. Πήρε ενεργό μέρος στις επαναστάσεις της Κρήτης, πρώτα ως πρόεδρος της Επαναστατικής Επιτροπής Σητείας και έπειτα ως πληρεξούσιος της Γενικής Επαναστατικής Συνέλευσης.Από το 1884 έως το 1911 διετέλεσε βουλευτής Σητείας και δύο φορές αντιπρόεδρος της Κρητικής Βουλής. Το 1898 διορίστηκε Έπαρχος Ιεράπετρας. Το 1902, όταν ήταν πλέον 46 ετών, τελείωσε τη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, εκπληρώνοντας έτσι ένα παιδικό του όνειρο. Το 1911, επί αρμοστείας Αλεξάνδρου Ζαΐμη, διορίστηκε Επίτροπος Παιδείας και Θρησκευμάτων. Το 1916 διορίστηκε Διοικητής Καστοριάς και το 1920 Νομάρχης Μεσσηνίας. Παραιτήθηκε όταν έπεσε η κυβέρνηση Βενιζέλου. Από τότε ασχολήθηκε με ιστορικές μελέτες.