Η Ελένη Βελώνη γεννήθηκε στη Νάξο και σπούδασε στη Φιλοσοφική Σχολή, στο Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Είναι κάτοχος Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης στην "Ιστορία και Διδακτική της Ιστορίας" και υποψήφια διδάκτωρ του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Αθηνών.