Ο Βασίλης Γιαννακόπουλος υπηρέτησε στο Γενικό Επιτελείο Εθνικής Άμυνας (2000-2009), όπου ασχολήθηκε με την ανάλυση των γεωπολιτικών εξελίξεων κυρίως της περιοχής της Μέσης Ανατολής και της Βόρειας Αφρικής. Συμμετείχε σε αποστολές στο εξωτερικό, με σκοπό τη γεωστρατηγική ανάλυση και την ανταλλαγή εκτιμήσεων για τις μείζονες παγκόσμιες προκλήσεις της δεκαετίας του 2000. Επιπτρόσθετα, ανέλυε και παρείχε εκτιμήσεις προς τη στρατιωτική και πολιτική ηγεσία, για τις περιφερειακές γεωπολιτικές εξελίξεις. Ως αξιωματικός της Πολεμικός Αεροπορίας φοίτησε σε σχολεία του εσωτερικού και του εξωτερικού και του απενεμήθη μεταπτυχιακός τίτλος από την πρεσβεία της Γαλλίας στην Ελλάδα. Το 2009 αποστρατεύθηκε με το βαθμό του ταξιάρχου και έκτοτε αρθρογραφεί σε ελληνικές & ξένες εφημερίδες, περιοδικά και ηλεκτρονικές στήλες, και ενίοτε διδάσκει σε στρατιωτικές σχολές.