Ο Τζόνι είναι ένας νεαρός αρχιτέκτονας ιππόκαµπος που ζει στον Ειρηνικό Ωκεανό. Αν και τόσος δα µικρός, έχει µια τεράστια καρδιά, όπου µέσα της χωράνε όλοι οι ωκεανοί του κόσµου. Μα, το µεγαλύτερό του όνειρο είναι να µπορέσει να µάθει τι απέγινε η Μαργαριταρούπολη και να χτίσει την πρώτη µαργαριταρένια πολυκατοικία κάτω από το νερό µε τα µαγικά µαργαριτάρια.

Έτσι, ο Τζόνι, µαζί µε το συνεργείο του, τους Τζονοµπακαλιάρους, ξεκινά το ταξίδι του προς τη µυθική Μαργαριταρούπολη. Εκεί θα αντιµετωπίσει µπερδεµένες καταστάσεις -γλώσσες που µιλάνε πιο πολύ από ό,τι το µέγεθος της γλώσσας τους, αλλά και πολλά ψάρια πυγολαµπίδες, που λάµπουν πιο πολύ από το φως τους- µε κίνδυνο να καταστραφούν τα σχέδιά του.

Όµως, µια οµάδα υποβρύχιων κατακτητών που δηµιούργησε ο Τζόνι, θα βάλει τα δυνατά της, µε κοινό σκοπό τη δηµιουργία της µαργαριταρένιας πολυκατοικίας. Θα τα καταφέρουν άραγε οι κατακτητές;