Στην Ευρώπη του Δέκατου Έβδομου αιώνα, σ' έναν κόσμο που κλυδωνίζεται από τις θρησκευτικές έριδες, τις πολιτικές φιλοδοξίες και τις κατακτητικές βλέψεις των ηγετών του, κάποιοι επιμένουν να μάχονται το χάος με τη λογική. Άλλοι, πάλι, βυθίζονται στην ακαταμάχητη γοητεία του υδράργυρου, αυτής της μυστηριώδους ουσίας που κρύβει το κλειδί της Δημιουργίας.

Ο Ντάνιελ Γουοτερχάουζ, γόνος μιας οικογένειας περιφρονημένων Πουριτανών, θαρραλέος στοχαστής με κρυφό ενδιαφέρον για τη Φυσική Φιλοσοφία, «συνομιλεί» με τις διάνοιες της εποχής του.

Σε μια αφήγηση-ποταμός που σαρώνει ηπείρους και δεκαετίες, η ιστορία του Ντάνιελ διασταυρώνεται με αυτήν του «Κουτσοψώλη Τζακ» Σάφτοου, του φτωχο-διάβολου τυχοδιώκτη που έγινε ο βασιλιάς των Βαγαπόντηδων, και της δαιμόνιας Ελάιζα, της γυναίκας που έσωσε ο Τζακ από ένα τουρκικό χαρέμι για να γίνει κατάσκοπος και πιόνι βασιλιάδων στο κυνήγι της δύναμης, της εξουσίας και του χρήματος.

Ιστορία, περιπέτεια, επιστήμη, αλχημεία, πίστη και δογματισμός, έρωτας, τρέλα, πόλεμος και θάνατος συνθέτουν ένα μνημειώδες λογοτεχνικό έργο που παρασύρει στη δράση προσωπικότητες όπως ο Νεύτων, ο Λάιμπνιτς, ο Χουκ, ο Πέπις, ο Βενιαμίν Φραγκλίνος, ο Γουίλιαμ της Οράγγης και ο Λουδοβίκος o ΙΔ΄.

Η επική αφήγηση που εισάγει ο Στίβενσον με τον Υδράργυρο συνεχίζεται στους επόμενους τόμους του Κύκλου Μπαρόκ , "Η σύγχυση" και "Το σύστημα του κόσμου".