Αιγαίο, 17ος αιώνας, ο αιώνας της πειρατείας. Ο πειρατής Ιωάννης Κάψης γράφει ιστορία στη θάλασσα. Απελευθερώνει τη Μήλο από τον οθωμανικό ζυγό. Στέφεται βασιλιάς, αλλά ένας μεγάλος έρωτας με την κόρη του κυβερνήτη του νησιού σημαδεύει τη ζωή του. Την ίδια περίοδο Δυτικοί και κυρίως Μαλτέζοι πειρατές κατακλύζουν το Αρχιπέλαγος, που αποτελεί πεδίο σύγκρουσης θρησκειών και συμφερόντων. Μεγάλοι πειρατές όπως ο Ουγκώ ντε Κρεβελιέ, οι αδελφοί Τεμερικούρ, ο Μιχελής Μανιάτης, ο Άγγελος Μαρία Βιτάλι και άλλοι ενώνουν τις δυνάμεις τους για να αντιμετωπίσουν την οθωμανική απειλή. Το Αιγαίο παραμένει το μήλον της έριδος ανάμεσα σε Ανατολή και Δύση. Μάχες, συνωμοσίες και προδοσίες καθορίζουν ένα άγριο παιχνίδι κερδοσκοπίας και κυριαρχίας.

"Το λυκόφως του Αιγαίου" στηρίζεται στις πραγματικές ζωές των πειρατών και στα κατορθώματά τους, στις μάχες που έδωσαν, στα ρεσάλτα αλλά και στους μεγάλους και παθιασμένους έρωτές τους. Φωτίζει τον ρόλο των Μαλτέζων πειρατών στις θάλασσές μας και τις συμμαχίες τους με τους κατοίκους των Κυκλάδων και των άλλων νησιών του Αιγαίου. Αναδεικνύει την ιστορία των νησιών του Αρχιπελάγους, τον τρόπο ζωής των κατοίκων, τα έθιμα και τις δοξασίες τους, όπως αυτά προκύπτουν μέσα από κείμενα περιηγητών, αλλά και από την τοπική ιστοριογραφία. Η Μήλος, που ήταν η έδρα και το βασίλειο του πειρατή Ιωάννη Κάψη, καταλαμβάνει μεγάλο μέρος της αφήγησης, αλλά η δράση εκτυλίσσεται και σε πολλά ακόμα νησιά του Αιγαίου όπως: στη Μύκονο, την Κίμωλο, την Πάρο, τη Νάξο, την Αμοργό, την Άνδρο, τη Μυτιλήνη, την Ικαρία, την Αστυπάλαια, την Τήλο, την Αντίπαρο, τη Σάμο, την Κάσο, την Κάρπαθο, τη Σαντορίνη, τη Φολέγανδρο, τη Σίκινο. Η περιπλάνηση συνεχίζεται και σε άλλες περιοχές, όπως η Μάνη, αλλά και η Μάλτα, η Κωνσταντινούπολη και η Ανδριανούπολη.

Η Κατερίνα Καριζώνη συγκέντρωσε, ύστερα από έρευνα δέκα περίπου ετών, ένα ενδιαφέρον πρωτογενές υλικό και το χρησιμοποιεί για να φωτίσει αυτή την άγνωστη στους περισσότερους περίοδο. Κινείται ανάμεσα στη μυθοπλασία και την Ιστορία, συμπλέκει τη δράση των μεγάλων αυτών θαλασσόλυκων του Αιγαίου και καταδεικνύει τη σχέση τους με τα πρώτα επαναστατικά κινήματα στα νησιά, που προλείαναν το έδαφος για την Εθνεγερσία του 1821. Εξηγεί πώς οι πειρατές αποτέλεσαν φαινόμενο αντίστοιχο με εκείνο των Κλεφτών και Αρματολών στη θάλασσα, χωρίς όμως να απενοχοποιεί τις επιδρομές και τις ληστείες τους. Αναφέρεται, επίσης, στη δράση των Ιπποτών της Μάλτας και στις θυελλώδεις συγκρούσεις τους με το Ισλάμ στο Αρχιπέλαγος.