Μια εβδομάδα μετά την έναρξη του Ελληνογερμανικού πολέμου, το μέτωπο στη Μακεδονία κατέρρευσε και οι Γερμανοί εισβολείς προήλασαν ακάθεκτοι προς τον νότο. Ο αγώνας των Βρετανών αεροπόρων μεταφέρθηκε στην Κρήτη. Τον Μάιο του 1941, μετά από σφοδρότατες μάχες, και παρά την ηρωική αντίσταση των ανδρών της 30ης και της 33ης Μοίρας της RAF στο αεροδρόμιο του Μάλεμε, οι γερμανικές δυνάμεις κατέλαβαν την Κρήτη. Τον Σεπτέμβριο του 1943 η συνθηκολόγηση της Ιταλίας προκάλεσε έναν αγώνα δρόμου μεταξύ των Γερμανών και των Συμμάχων για την κατάληψη των Δωδεκανήσων.

Οι αεροπορικές δυνάμεις των αντιπάλων διεδραμάτισαν πρωταγωνιστικό ρόλο στις συγκρούσεις που ακολούθησαν. Παρά τις αρχικές επιτυχίες των Βρετανών, οι Γερμανοί τον Οκτώβριο του 1943 ανακατέλαβαν τη Κω και τη Λέρο. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα οι κύριες αεροπορικές δυνάμεις της RAF και της USAAF να αποσυρθούν από την περιοχή. Στα τέλη όμως του καλοκαιριού του 1944 και υπό την πίεση της προέλασης των σοβιετικών στρατευμάτων στα ανατολικά Βαλκάνια, η γερμανική στρατιωτική διοίκηση άρχισε να σχεδιάζει τη σταδιακή αποχώρηση των κατοχικών δυνάμεων από την Ελλάδα. Για την απόσυρση των στρατευμάτων και των εφοδίων από τα νησιά του Αιγαίου οι Γερμανοί χρησιμοποίησαν όλα τα διαθέσιμα αεροπλάνα και υδροπλάνα της Luftwaffe.

Η προσπάθεια αυτή σύντομα αποτέλεσε στόχο των αεροπορικών δυνάμεων της RAF και της USAAF που επιχειρούσαν από τη βόρεια Αφρική, καθώς και των αεροσκαφών της Βρετανικής Ναυτικής Αεροπορίας (Fleet Air Arm - FAA) η οποία επέκτεινε τη δράση της στους ελληνικούς ουρανούς.