Η Κοινωνιολογία της Θρησκείας αποτελεί την κύρια ενασχόληση στη σκέψη του Καθηγητή Απόστολου Νικολαΐδη, διαμορφώνοντας ένα πλαίσιο αναφοράς και ταυτόχρονα ερμηνείας, όχι μόνο της ίδιας της θρησκείας, αλλά και της κοινωνικής πραγματικότητας που τον περιβάλλει. Ασχολείται με όλα εκείνα τα ζητήματα που απασχόλησαν τους σημαντικότερους θεωρητικούς της Κοινωνιολογίας, όπως είναι οι μορφές εξουσίας, η πολιτική και οικονομική συμπεριφορά, η λειτουργία των θεσμών, αλλά και οι μορφές αναπαραγωγής των ιδεολογιών, όπως η άσκηση του κοινωνικού ελέγχου και η κριτική των θρησκευτικών θεσμών. Δεν περιγράφει μόνο τα ζητήματα αυτά, αλλά τα αναλύει, ενώ ταυτόχρονα προτείνει ενδεχόμενες λύσεις των κοινωνικών προβλημάτων που αναδεικνύει.
Στο πλούσιο συγγραφικό έργο του Καθηγητή Νικολαΐδη μπορεί κάποιος να διακρίνει έναν κοινωνικό στοχαστή, ο οποίος επιχειρεί να αναμοχλεύσει μέσα από την κοινωνιολογία την ίδια τη θεολογική σκέψη. Να την αφυπνίσει και να τη στρέψει μέσα στον κοινωνικό της περιβάλλον, για να αποκτήσει ξανά ένα ενδοκοσμικό ενδιαφέρον για τον άνθρωπο και τις ανάγκες του. Άλλωστε το ξεκίνημά του από τον μεγάλο διανοούμενο Ernst Bloch, φαίνεται να διαμορφώνει το πλαίσιο της σκέψης του για μια "νέα ανθρωπολογία της θρησκείας". Η διαπίστωσή του ότι "άνθρωπος και Θεός βρίσκονται καθοδόν" σημαίνει ότι η δράση και των δύο δεν εκτυλίσσεται σε κάποιον εξωκοσμικό χώρο, αλλά εντός της ίδιας ιστορικής πραγματικότητας.
Η παρότρυνση για δράση αποτελεί βασική προϋπόθεση για τον Καθηγητή Νικολαΐδη. Με όλα τα ζητήματα που καταπιάνεται επιχειρεί μια διευρυμένη κινητοποίηση των ανθρώπων για δράση, η οποία έχει βαθύτατα πολιτικά χαρακτηριστικά, όχι μόνο για τον πολίτη, αλλά και για τον θρησκευόμενο. Μόνο έτσι ο άνθρωπος καταφέρνει τελικά να γνωρίσει τον εαυτό του και να είναι χρήσιμος για τους άλλους. Ακόμη και ο διάλογος αποτελεί μια βασική προϋπόθεση για κινητοποίηση των συμμετεχόντων σ’ αυτόν και φυσικά μια ευκαιρία για δράση, η οποία δεν είναι μόνο θρησκευτική, αλλά επεκτείνεται σε όλες τις μορφές του κοινωνικού βίου. Άλλωστε στη σκέψη του Καθηγητή Νικολαΐδη, η πρόσκληση για θρησκευτική δράση προϋποθέτει πολιτική ευθύνη με σεβασμό στις δημοκρατικές αρχές και αξίες, στα ανθρώπινα δικαιώματα, στην ανθρώπινη ελευθερία και αξιοπρέπεια.