O Κώστας Καζαντζόγλου, πρόσφυγας από την Ανατολική Θράκη, εγκαθίσταται στα χρόνια της Κατοχής στη Θεσσαλονίκη, σε μια πόλη στοιχειωμένη από την πείνα, τα τάγματα ασφαλείας, τις διώξεις των αριστερών και των Εβραίων. Εκεί ανοίγει υποδηματοποιείο και το μετατρέπει σύντομα σε γιάφκα της Αντίστασης. Συναντιέται με τον φοιτητή Άρη Αναγνωστάκο και οργανώνουν μαζί τον πολιτικό αγώνα τους. Ο Άρης ερωτεύεται την Τασούλα, τη μεγάλη κόρη του Καζαντζόγλου - έρωτας που θα περάσει μέσα από τις φλόγες του πολέμου και θα δοκιμαστεί. Τον ίδιο καιρό στο Άγιον Όρος μια σκοτεινή υπόθεση εκτυλίσσεται. Μια αποστολή των Ναζί αναζητεί θησαυρούς - ανάμεσά τους και το Άγιο Δισκοπότηρο. Ο επικεφαλής της όμως, βυζαντινολόγος Φραντς Ντέλγκερ, εγκλωβίζεται στον μυστηριώδη κόσμο του Άθωνα, καθώς έρχεται αντιμέτωπος με το θρύλο των «αόρατων ασκητών».
Η Πόλη των αθώων βασίζεται σε ιστορίες αληθινές, σε μαρτυρίες που προέρχονται από τους τελευταίους ζώντες αντιστασιακούς της Θεσσαλονίκης. Ταξιδεύοντας στη σκοτεινή ήπειρο της μνήμης, αναδεικνύει τον αγώνα των αφανών ανθρώπων που έγραψαν τη νεότερη ιστορία. Ταυτόχρονα φωτίζει από διαφορετικές γωνίες το σκληρό πρόσωπο της δεκαετίας του ’40, αγγίζοντας και θέματα που παραμένουν έως σήμερα ταμπού.