Ο Μανώλης Κλώντζας σπούδασε στο Πανεπιστήμιο του Καρόλου της Πράγας τους κλάδους: Ιστορία με ειδίκευση στην νεότερη οικονομική ιστορία και την προβληματική του έθνους. Κλασσική αρχαιολογία με εξειδίκευση την εποχή μετάβασης από την ύστερη εποχή του Χαλκού στην εποχή του Σιδήρου της Κρήτης. Στο Πανεπιστήμιο Μάσαρυκ του Μπρνό Αρχαιολογία της Ευρώπης. Εργάζεται στο Πανεπιστήμιο του Μάσαρυκ στο Ινστιτούτο Αρχαιολογίας και Μουσειολογίας, και στο Ερευνητικό Ινστιτούτο Archaia Brno. Ασχολείται με την προβληματική της προστασίας των μνημείων. Με την σχέση μνημείων και ανθρώπινων κοινωνιών, με την αρχαιολογική θεωρία, αλλά επίσης με την ιστορική σχέση των ανθρώπινων κοινωνιών και φυσικού περιβάλλοντος. Εργάζεται πάνω στην προβληματική της σωστικής έρευνας πρώτης γραμμής σε αστικό και αγροτικό περιβάλλον. Έχει συμμετάσχει σε ποικίλου χαρακτήρα ανασκαφικές έρευνες κυρίως στην Τσεχία και έχει λάβει μέρος σε αρκετά διεπιστημονικά ερευνητικά προγράμματα. Τώρα διευθύνει διεθνή διεπιστημονική έρευνα στην Αλβανία.