Ο Κώστας Μουστάκας γεννήθηκε στην Αθήνα το 1968. Είναι πτυχιούχος Ιστορίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων (1990), κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος ΜΡhil στη Βυζαντινή Ιστορία (1993) και διδακτορικού διπλώματος (2001). Πραγματοποιήσε μεταπτυχιακές σπουδές και εκπόνησε διδακτορική διατριβή ως υπότροφος του ΙΚΥ στο Πανεπιστήμιο του Birmingham, Centre for Byzantine, Ottoman and Modern Greek Studies με θέμα διδακτορικής διατριβής: "The Transition from Late Byzantine to Early Ottoman Southeastern Macedonia (14th-15th centuries). A socioeconomic and demographic study". Διδάσκει βυζαντινή ιστορία στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης από το 2002 ως ειδικός επιστήμων, και από το 2005 ως λέκτορας. Από το 2004 είναι επιστημονικός συνεργάτης του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του ΙΤΕ. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα εντοπίζονται στις κοινωνικές πραγματικότητες της μεταβατικής εποχής μεταξύ Βυζαντίου και "Τουρκοκρατίας", με έμφαση σε οικονομικά και δημογραφικά ζητήματα, στις βυζαντινές θεωρήσεις της οθωμανικής ανόδου, και γενικότερα σε βυζαντινοτουρκικά ζητήματα.