Η Ελένη Μορφίδη αποφοίτησε από τη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και ακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Πανεπιστήμιο του Manchester της Μ. Βρετανίας, όπου έλαβε Μaster στην Ειδική Αγωγή, και την Εκπαιδευτική Έρευνα. Έλαβε επίσης Διδακτορικό Δίπλωμα από το ίδιο Πανεπιστήμιο. Εργάστηκε ως μεταδιδακτορική υπότροφος στο Πανεπιστήμιο του Amsterdam της Ολλανδίας και ως ερευνητικός συνεργάτης σε Πανεπιστήμια της Ελλάδας και του εξωτερικού. Από το 2007 υπηρετεί ως μέλος ΔΕΠ στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων. Εργασίες της έχουν δημοσιευτεί σε διεθνή και ελληνικά περιοδικά και βιβλία.