Η Δέσποινα Γιαννακάκη είναι κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος από το Τμήμα Μηχανικών Παραγωγής και Διοίκησης του Πολυτεχνείου Κρήτης (2003). Επίσης είναι απόφοιτος του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης (2000). Έχει συμμετάσχει σε εθνικά επιστημονικά συνέδρια σε θέματα πολυκριτήριας ανάλυσης και χρηματοοικονομικής διοίκησης.