Ο Βασίλης Κ. Γούναρης έλαβε πτυχίο με ειδίκευση στην Ιστορία (1983) και δίπλωμα μεταπτυχιακών σπουδών (1985) στη Νεώτερη Ιστορία από το ΑΠΘ και διδακτορική διατριβή στη Νεώτερη Ιστορία από το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης (St. Antony’s College), όπου φοίτησε με υποτροφία του Ismene Fitch Charitable Trust (1985-88). Διετέλεσε Ειδικός Μεταπτυχιακός Υπότροφος του Τομέα Νεώτερης και Σύγχρονης Ιστορίας (1985) του ΑΠΘ. Από το 1990 έως το 2001 διηύθυνε το ερευνητικό κέντρο του Ιδρύματος Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα (ΚΕΜΙΤ) στη Θεσσαλονίκη. Την περίοδο 2001-2005 υπηρέτησε ως Αναπληρωτής Καθηγητής της Κοινωνικής και Οικονομικής Ιστορίας των Χωρών της Χερσονήσου του Αίμου στο Τμήμα Βαλκανικών Σπουδών του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, που εδρεύει στη Φλώρινα, του οποίου διετέλεσε Αναπληρωτής Πρόεδρος καθώς και πρώτος Διευθυντής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών. Το 2004 εκλέχθηκε Αναπληρωτής Καθηγητής της Ιστορίας των Νεωτέρων Χρόνων στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Α.Π.Θ. και το 2009 Καθηγητής.Το 2009-2010 διετέλεσε Επισκέπτης Καθηγητής στο King’s College του Πανεπιστημίου του Λονδίνου και το 2013 Senior Visiting Scholar (Onassis Foundation USA) στα Πανεπιστήμια Yale, Princeton, Columbia, George Washington των ΗΠΑ και York του Καναδά.