Ο Αθανάσιος Αλεγκάκης αποφοίτησε από το Τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης, όπου και εκπόνησε τη διδακτορική του διατριβή στην Ιατρική Σχολή (2001). Συνεργάστηκε και συνεργάζεται με την Ιατρική Σχολή και το Πα.Γ.Ν.Η. (Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Ηρακλείου) σε θέματα συλλογής και επεξεργασίας δεδομένων, πληροφορικής και στατιστικής ανάλυσης. Εργασίες του έχουν δημοσιευτεί σε διεθνή περιοδικά.