Ο Αιμίλιος Γιατζίδης είναι πτυχιούχος του Τμήματος Δημόσιας Διοίκησης του Παντείου Πανεπιστημίου (1994). Έλαβε δίπλωμα μεταπτυχιακών σπουδών στις διεθνείς σχέσεις (1996) από το Πανεπιστήμιο του Sheffield, Βρετανία, και διδακτορικό στις πολιτικές επιστήμες από το ίδιο πανεπιστήμιο (2000). Έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο του Sheffield, στο Τμήμα Δημόσιας Διοίκησης του Παντείου Πανεπιστημίου, όπως και στο Τμήμα Μεσογειακών Σπουδών του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Από το 2006 εργάζεται στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.